La maggior parte dei rettili respira come fanno gli umani:inalano ossigeno attraverso le narici o la bocca. Tuttavia, anche le tartarughe acquatiche e alcuni serpenti possono estrarre piccole quantità di ossigeno dall'acqua. Mentre i serpenti di solito emergono per ricostituire le loro riserve di ossigeno, possono assorbire un po' di ossigeno dall'acqua attraverso la pelle. Le tartarughe estraggono l'ossigeno dall'acqua attraverso la pelle del collo e le cloache, la camera attraverso la quale passano feci, urati e uova.
La maggior parte dei rettili sono animali ectotermici, il che significa che i loro processi biologici si verificano più velocemente quando gli animali sono caldi e più lenti quando gli animali sono freddi. Ciò significa che maggiore è la temperatura, più ossigeno richiedono i rettili. Pertanto, a basse temperature, come durante il letargo invernale, alcuni serpenti e tartarughe possono estrarre dall'acqua abbastanza ossigeno per soddisfare i loro bisogni senza dover riemergere per prendere aria.